Pada tahun 73 Cosmic Era, dua tahun setelah perjanjian kesepakatan perdamaian antara pihak ZAFT dan Earth Alliance ditandatangani pada akhir serial Gundam SEED, anggota pasukan khusus Earth Alliance yang disebut sebagai Phantom Pain membajak tiga buah mobile suit dari gudang senjata Armory One milik ZAFT ketika berlangsung pertemuan antara Cagalli Yula Athha yang menjadi Perdana Menteri Orb dan pemimpin ZAFT, Gilbert Dullindal. Selanjutnya, ZAFT yang merupakan Coordinator pun mengejar para pencuri tersebut, yang ternyata merupakan Natural/Extended, dengan beberapa karakter utama seperti Shinn Asuka, Alex Dino (sebenarnya merupakan Athrun Zala), Rey Za Burrel, dan kru kapal tempur luar angkasa Minerva. Akan tetapi, di balik itu ada sebuah rencana yang mampu memunculkan perang lagi.

• Kru Minerva:
  • Shinn Asuka
    Shinn Asuka adalah seorang Coordinator warga Orb yang mengungsi ketika negaranya diserang oleh pasukan Earth Alliance. Kehilangan semua sanak keluarganya ketika Freedom bertempur dengan Calamity milik Earth Alliance. Ia pun mendaftarkan dirinya menjadi pasukan ZAFT, untuk melindungi yang lemah. Dirinya merupakan karakter utama serial ini, apalagi ketika para karakter pada serial pertamanya (seperti Kira Yamato dan Athrun Zala) belum terlalu aktif dalam pengembangan cerita. Ia adalah pilot ZGMF-X42S Destiny Gundam dan ZGMF-X56S Impulse Gundam. Selain Kira dan Athrun yang berpengalaman, ia adalah satu-satunya pilot mobile suit baru yang mampu masuk ke dalam modus SEED.
    
    
    Diangkat menjadi anggota pasukan khusus FAITH, karena jasanya yang luar biasa. Dua kali mendapatkan penghargaan Medali Nebula karena performanya yang luar biasa di medan perang Operation Angel Down, di mana Shinn mengalahkan Kira Yamato dan ZGMF-X10A Freedom, serta penghancuran markas Earth Alliance di Heaven's Base. Usianya masih 16 tahun, dan ia termasuk salah satu kru Minerva yang paling muda, bahkan dari adik Lunamaria Hawke, Meyrin Hawke. Meski ia belum lama duduk di kokpit mobile suit, mengherankan, kemampuannya dalam mengendalikan mobile suit luar biasa. Shinn adalah pemuda yang kekanak-kanakan, keras kepala, dan ia marah pada dunia karena menjatuhkannya dalam kemalangan, sehingga ia merasa mempunyai hak untuk menciptakan dunia baru yang damai, tanpa mempedulikan bahwa tidak semua hal boleh dilakukan dengan ketidakbaikan. Ia percaya jika ia punya kekuatan, maka ia tidak akan pernah lagi kehilangan orang yang disayanginya. Sejak awal bertemu dengan Athrun, Shinn sudah menunjukkan sikap tidak bersahabat. Penunjukan dirinya sebagai pilot ZGMF-X56S Impulse oleh Durandal ternyata memang ada tujuan tertentu.
    
    
    Dullindal sebagai ahli genetika tahu bahwa Shinn adalah satu-satunya pilot yang sanggup menyamai Kira Yamato. Sejak awal Dullindal sudah merencanakan memanfaatkan Shinn demi mencapai tujuan dan ambisi yang telah lama dipendamnya. Meskipun demikian, Shinn tidak seperti Rey Za Burrel yang terlalu 'loyal' pada Dullindal. Shinn masih mempunyai perasaan dan di balik sikapnya yang dingin dan sulit bersosialisasi, sesungguhnya ia adalah orang yang penuh perhatian pada orang di sekitarnya. Shinn juga satu-satunya pilot dalam sejarah serial Gundam SEED yang paling suka membuat orang kalang-kabut karena ulahnya, sepertinya ia juga kebal dengan yang namanya hukuman. Cara bicaranya suka membuat orang sakit hati, namun sebenarnya ia bermaksud baik.
    
    
    Kata-kata yang keluar dari mulutnya juga tepat pada sasaran, sehingga hati-hatilah bersikap dan berbicara padanya. Namun tak diragukan, ia adalah pemuda cemerlang jika diarahkan lebih baik.
  • Athrun Zala (alias Alex Dino). Anggota FAITH dan pilot ZGMF-X23S Saviour Gundam, dan ZGMF-X19A Infinite Justice.
  • Talia Gladys. Anggota FAITH dan kapten kapal tempur Minerva, mempunyai hubungan khusus dengan Gilbert.
  • Arthur Trine. Wakil kapten kapal tempur Minerva.
  • Heine Westenfluss. Anggota FAITH dan pilot ZGMF-2000 GOUF Ignited.
  • Lunamaria Hawke. Pilot ZGMF-1000 ZAKU Warrior, pada beberapa episode terakhir ia memiloti ZGMF-X56S Impulse Gundam, sangat menyukai Shinn Asuka.
  • Meyrin Hawke. Combat Information Center dari kapal tempur Minerva. Adik dari Lunamaria Hawke.
  • Rey Za Burrel. Pilot ZGMF-1000 ZAKU Phantom dan ZMGF-X666S Legend Gundam. Diangkat menjadi anggota FAITH setelah Athrun membelot kembali ke Orb. Memiliki hubungan khusus dengan Gilbert Dullindal. Merupakan kloning dari Rau Le Crueset.
  
  
• Kru Archangel/ORB:
  • Kira Yamato. Pilot ZGMF-X10A Freedom Gundam, dan ZGMF-X20A Strike Freedom Gundam. Pahlawan perang dari seri sebelumnya.
  • Cagalli Yula Athha. Cagalli merupakan adik kembar dari Kira Yamato. Merupakan seorang representatif ORB
  • Murrue Ramius. Kapten Archangel.
  • Miriallia Haw
  • Arnold Neumann
  • Ledonir Kisaka
  • Colonel Todaka
  • Kojiro Murdoch
  • Mwu La Flaga
  • Unato Ema Seiran
  • Yuna Roma Seiran
• Pihak Phantom Pain/LOGOS:
  • Lord Djibril
  • Neo Roanoke. Merupakan identitas lain dari Mu La Flaga; diselamatkan oleh pihak OMNI Enforcer dan ingatannya sebagian dihapus. Dijadikan komandan perang OMNI Enforcer. Pemimpin dan berperan sebagai "ayah" dari tiga pilot Phantom Pain, terutama Stella.
  • Auel Neider
  • Stella Loussier
  • Sting Oakley
• Pihak ZAFT:
  • Dearka Elsman
  • Yzak Jule
  • Gilbert Dullindal.Gilbert terkenal sebagai chairman PLANT yang baru, sebagai pengganti Patrick Zala.
  • Rau Le Creuset
  • Meer Campbell. Meer adalah Lacus Clyne yang palsu, karena diminta oleh Gilbert untuk menjalankan misinya sebagai Lacus Clyne, Meer pun menjalankan operasi plastik yang mengubah wajahnya menjadi sangat mirip dengan Lacus Clyne, dengan beriringnya waktu ia pun dikenal sebagai Lacus yang asli karena beberapa kali ia dan Gilbert mengadakan Konser dan pidato-pidato mengatasnamakan Lacus
• Pihak Terminal:
  • Martin DaCosta
  • Lacus Clyne
  • Andrew Waltfeld